Piliw ang In Se sa Hapon.[1] Nahimutang ni sa prepektura sa Kumamoto-ken, sa habagatan-kasadpang bahin sa nasod, 1,000 km sa kasadpan sa Tokyo ang ulohan sa nasod. 1 metros ibabaw sa dagat kahaboga ang nahimutangan sa In Se.[1] Ang kinahabogang dapit sa palibot dunay gihabogon nga 204 ka metro ug 2.0 km sa amihanan sa In Se.[saysay 1] Dunay mga 104 ka tawo kada kilometro kwadrado sa palibot sa In Se medyo hilabihan populasyon.[3] Ang kinadul-ang mas dakong lungsod mao ang Ushibuka, 3.7 km sa kasadpan sa In Se. Hapit nalukop sa lasang nga sagolsagol ang palibot sa In Se.[4] Sa rehiyon palibot sa In Se, kapuloan, mga lawis, nga bato nga pormasyon, ug salog sa dagat talagsaon komon.[saysay 2]
Ang klima kasarangan. Ang kasarangang giiniton 16 °C. Ang kinainitan nga bulan Agosto, sa 24 °C, ug ang kinabugnawan Pebrero, sa 6 °C.[5] Ang kasarangang pag-ulan 2,641 milimetro matag tuig. Ang kinabasaan nga bulan Hunyo, sa 594 milimetro nga ulan, ug ang kinaugahan Enero, sa 62 milimetro.[6]