Piliw ang Kuro-se sa Hapon.[1] Nahimutang ni sa prepektura sa Kumamoto-ken, sa habagatan-kasadpang bahin sa nasod, 1,000 km sa kasadpan sa Tokyo ang ulohan sa nasod. 1 metros ibabaw sa dagat kahaboga ang nahimutangan sa Kuro-se.[1] Ang kinahabogang dapit sa palibot dunay gihabogon nga 205 ka metro ug 1.9 km sa amihanan sa Kuro-se.[saysay 1] Ang kinadul-ang mas dakong lungsod mao ang Ushibuka, 1.5 km sa amihanan sa Kuro-se. Sa rehiyon palibot sa Kuro-se, kapuloan, mga lawis, nga bato nga pormasyon, ug salog sa dagat talagsaon komon.[saysay 2]
Ang klima kasarangan. Ang kasarangang giiniton 16 °C. Ang kinainitan nga bulan Agosto, sa 24 °C, ug ang kinabugnawan Pebrero, sa 6 °C.[3] Ang kasarangang pag-ulan 2,641 milimetro matag tuig. Ang kinabasaan nga bulan Hunyo, sa 594 milimetro nga ulan, ug ang kinaugahan Enero, sa 62 milimetro.[4]