Piliw ang Nanatsu-se sa Hapon.[1] Nahimutang ni sa prepektura sa Kumamoto-ken, sa habagatan-kasadpang bahin sa nasod, 1,000 km sa kasadpan sa Tokyo ang ulohan sa nasod. 23 metros ibabaw sa dagat kahaboga ang nahimutangan sa Nanatsu-se.[saysay 1] Ang Nanatsu-se nahimutang sa pulo sa Koki Jima.[saysay 2] Ang kinahabogang dapit sa palibot dunay gihabogon nga 653 ka metro ug 9.4 km sa habagatan sa Nanatsu-se.[saysay 3] Dunay mga 179 ka tawo kada kilometro kwadrado sa palibot sa Nanatsu-se medyo hilabihan populasyon.[3] Ang kinadul-ang mas dakong lungsod mao ang Minamata, 3.5 km sa sidlakan sa Nanatsu-se. Hapit nalukop sa lasang nga sagolsagol ang palibot sa Nanatsu-se.[4] Sa rehiyon palibot sa Nanatsu-se, kapuloan, ug mga lawis talagsaon komon.[saysay 4]
Ang klima kasarangan. Ang kasarangang giiniton 14 °C. Ang kinainitan nga bulan Agosto, sa 23 °C, ug ang kinabugnawan Enero, sa 4 °C.[5] Ang kasarangang pag-ulan 2,641 milimetro matag tuig. Ang kinabasaan nga bulan Hunyo, sa 594 milimetro nga ulan, ug ang kinaugahan Enero, sa 62 milimetro.[6]