Noong Hunyo 23,1898 bilang pagsunod sa payo ni Mabini pinalitan ni Aguinaldo ang pamahalaang diktatoryal ng pamahalaang panghihimagsik o rebulusyonaryo.hinalinhan ang tawag na "diktador" at ipinalit ang "pangulo" bilang katawagan sa pinuno ng pamahalaang rebolusyonaryo.
Ang pangulo ay tutulungan ng isang Kongresong Panghimagsikan na binubuo ng mga kinatawan mula sa iba't ibang lalawigang tagapagpaganap upang gumawa ng mga batas upang tiyak na mamalagi ang kaayusang panloob at mapangalagaan ang bansa laban sa dayuhang mananakop.Layunin ng pamahalaang rebolusyonaryong ipagpatuloy ang pakikipaglaban ng Pilipinas para sa kalayaan at ihanda ang bansa upang maitayo ang isang pamahalaang republika.
