Baba sa suba ang Bocanita San Rafael sa Mehiko.[1] Nahimutang ni sa estado sa Estado de Baja California Sur, sa kasadpang bahin sa nasod, 1,500 km sa amihanan-kasadpan sa Mexico City ang ulohan sa nasod. 4 metros ibabaw sa dagat kahaboga ang nahimutangan sa Bocanita San Rafael.[1] Bocanita San Rafael nidagayday paingon ngadto sa Kadagatang Pasipiko.
Ang klima uga. Ang kasarangang giiniton 23 °C. Ang kinainitan nga bulan Agosto, sa 29 °C, ug ang kinabugnawan Disyembre, sa 16 °C.[2] Ang kasarangang pag-ulan 263 milimetro matag tuig. Ang kinabasaan nga bulan Septiyembre, sa 82 milimetro nga ulan, ug ang kinaugahan Abril, sa 1 milimetro.[3]