Kagaangan ang Okino-se sa Hapon.[1] Nahimutang ni sa habagatan-kasadpang bahin sa nasod, 1,000 km sa kasadpan sa Tokyo ang ulohan sa nasod. Ang kinahabogang dapit sa palibot dunay gihabogon nga 175 ka metro ug 4.8 km sa habagatan sa Okino-se.[saysay 1] Ang kinadul-ang mas dakong lungsod mao ang Sasebo, 14.2 km sa amihanan-sidlakan sa Okino-se. Sa rehiyon palibot sa Okino-se, salog sa dagat, kapuloan, nga bato nga pormasyon, kagaangan, mga lawis, ug mga estretso talagsaon komon.[saysay 2]
Ang klima kasarangan. Ang kasarangang giiniton 15 °C. Ang kinainitan nga bulan Agosto, sa 23 °C, ug ang kinabugnawan Pebrero, sa 6 °C.[3] Ang kasarangang pag-ulan 2,390 milimetro matag tuig. Ang kinabasaan nga bulan Agosto, sa 408 milimetro nga ulan, ug ang kinaugahan Enero, sa 43 milimetro.[4]